Područje rada Zavoda za elektronsku mikroskopiju obuhvaća dijagnostiku benignih i malignih promjena brojnih organskih sustava. U Zavodu za elektronsku mikroskopiju vrši se analiza brojnih materijala iz djelokruga internističkih i kirurških specijalnosti.
Najzastupljenija je analiza uzoraka dobivenih biopsijom bubrega u slučajevima različitih glomerulonefritisa kako bi se utvrdilo prisustvo osmiofilnih depozita i njihove lokalizacije kao i strukturalne promjene glomeluralnih bazalnih membrana u hereditarnim bolestima.
Osim toga rutinski se analiziraju uzorci dobiveni biopsijom mozga, živaca i mišića u slučaju nasljednih i degenerativnih bolesti, kao i tumora.
Također se vrši analiza slabo diferenciranih mezenhimalnih tumora u slučajevima dubioznog nalaza imunohistokemije (tumori mekih tkiva i malih okruglih stanica) te kod nekih slučajeva slabo diferenciranih karcinoma te onkocitoma bubrega.
U slučaju histiocitoze Langerhansovih stanica potrebno je naći Birbeckova tjelešca čime se potvrđuje dijagnoza.
Kod djece s čestim respiratornim infekcijama te sumnjom na sindrom imotilnih cilija u dišnim putovima vrši se analiza cilija.
Također se analiziraju različita tkiva u slučajevima nasljednih metaboličkih bolesti (bolesti nakupljanja).
Elektronska mikroskopija koristi se i za identifikaciju raznih mikrobioloških agenasa u tkivima.