KBC Zagreb ima 29 klinika/kliničkih zavoda koji su smješteni na šest lokacija u gradu Zagrebu.

Lokacija Kišpatićeva 12 (Rebro)

Na lokaciji Kišpatićeva 12 (Rebro) nalaze se: Centar za hitnu medicinu, Klinika za anesteziologiju, reanimatologiju i intenzivno liječenje, Klinika za bolesti srca i krvnih žila, Klinika za bolesti uha, nosa i grla i kirurgiju glave i vrata, Klinika za kardijalnu kirurgiju, Klinika za kirurgiju, Klinika za neurokirurgiju, Klinika za neurologiju, Klinika za očne bolesti, Klinika za onkologiju, Klinika za pedijatriju, Klinika za psihijatriju, Klinika za psihološku medicinu, Klinika za reumatske bolesti i rehabilitaciju, Klinika za unutarnje bolesti, Klinika za urologiju, Klinički zavod za dijagnostičku i intervencijsku radiologiju, Klinički zavod za kliničku i molekularnu mikrobiologiju, Klinički zavod za laboratorijsku dijagnostiku, Klinički zavod za nuklearnu medicinu i zaštitu od zračenja, Klinički zavod za patologiju i citologiju i Klinički zavod za transfuzijsku medicinu i transplantacijsku biologiju.

.

Lokacija Jordanovac 104

Klinika za plućne bolesti Jordanovac, Klinika za torakalnu kirurgiju.

Lokacija Petrova 13

Klinika za ženske bolesti i porode.

Lokacija Šalata 4, 6, 7

Klinika za dermatovenerologiju (Šalata 4)
Klinika za ortopediju (Šalata 6,7)

Lokacija Božidarevićeva 11

Klinički zavod za rehabilitaciju i ortopedska pomagala.

Lokacija Gundulićeva 5

Klinika za stomatologiju.