Klinički zavod za kliničku mikrobiologiju, prevenciju i kontrolu infekcija

Europska konfederacija za medicinsku mikologiju (European Confederation of Medical Mycology – ECMM) dodijelila je 24. travnja 2018. godine Kliničkom zavodu za kliničku i molekularnu mikrobiologiju Kliničkog bolničkog centra Zagreb naslov Centra izvrsnosti (Excellence Center Silver Status – Excellence in laboratory mycology).

Predstojnica: prof. dr. sc. Ana Budimir, dr. med., specijalist medicinske mikrobiologije s parazitologijom
Glavna inženjerka: Marica Slivar-Renić, prvostupnica medicinsko laboratorijske dijagnostike

Klinički zavod za kliničku i molekularnu mikrobiologiju je središnja ustanova koja provodi najširi spektar mikrobiološke dijagnostike u Republici Hrvatskoj te godišnje izvodi više od 200 000 mikrobioloških pretraga. Temeljni ciljevi Kliničkog zavoda su uvođenje i primjena najsuvremenijih mikrobioloških metoda prema trenutno važećim standardima mikrobiološke struke u svrhu što uspješnije dijagnostike i liječenja bolesnika te konzultantske usluge čiji je cilj pomoći kliničarima pri odabiru odgovarajućih mikrobioloških pretraga kao i pri donošenju odluke o uvođenju, promjeni ili ukidanju antimikrobnog liječenja. U okviru toga važno je sustavno praćenje rezistencije bakterijskih uzročnika na antimikrobne lijekove koje se u Kliničkom zavodu također sustavno provodi te u novije vrijeme nastojanja da se u pogledu mikrobiološke dijagnostike adekvatno odgovori na trend rastuće učestalosti invazivnih gljivičnih bolesti.

Jedan od najznačajnijih ciljeva Kliničkog zavoda jest suzbijanje i prevencija infekcija povezanih sa zdravstvenom skrbi sa širokim spektrom aktivnosti u kojima svojim doprinosom sudjeluju svi djelatnici Kliničkog zavoda. U Kliničkom zavodu od 1998. godine djeluje Referentni centar za bolničke infekcije Ministarstva zdravstva Republike Hrvatske čije aktivnosti obuhvaćaju dijagnostiku uzročnika bolničkih infekcija te njihovu genotipizaciju, utvrđivanje genetskih mehanizama rezistencije bakterija na antimikrobne lijekove, provođenje edukacije zdravstvenih djelatnika, sudjelovanje u europskim projektima praćenja bolničkih infekcija i kampanji higijene ruku Svjetske zdravstvene organizacije. Od 2006. godine Referentni centar u suradnji s Povjerenstvom za sprečavanje i suzbijanje bolničkih infekcija Ministarstva obrađuje godišnja izvješća bolničkih ustanova, te priprema i distribuira godišnja izvješća o bolničkim infekcijama u Republici Hrvatskoj.

Klinički zavod za kliničku i molekularnu mikrobiologiju je nastavna baza Medicinskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu te su djelatnici Kliničkog zavoda uključeni u dodiplomsku i poslijediplomsku nastavu. Klinički zavod provodi i specijalističko usavršavanje doktora medicine za područje kliničke mikrobiologije.
Znanstveno-istraživački rad prioritet je Kliničkog zavoda čiji je cilj primijeniti znanje i suvremenu tehnologiju u svrhu dobivanja temeljnih spoznaja s konačnim ciljem njihove praktične primjene u mikrobiološkoj dijagnostici.

KATALOG PRETRAGA

Bakteriološke pretrage primarno sterilnih uzoraka

PRETRAGE

METODE

bakteriološka pretraga krvi (hemokultura)

kultura, mikroskopski preparat, identifikacija i
ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

bakteriološka pretraga intravaskularnih katetera (ispirak, vrh)

kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

bakteriološka pretraga cerebrospinalnog likvora

mikroskopski preparat, kultura, identifikacija i
ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

bakteriološka pretraga ostalih primarno sterilnih uzoraka – ascites, pleuralni punktat, perikardijalni punktat, CAPD, zglobna tekućina, očna vodica, majčino mlijeko i po potrebi ostali uzorci

mikroskopski preparat, kultura, identifikacija i
ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

bakteriološka provjera sterilnosti transfuzijskih pripravaka, uzoraka za koštanu, očnu, kardiovaskularnu i banku krvotvornih matičnih stanica

kultura, mikroskopski preparat, identifikacija i
ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

Bakteriološke pretrage uzoraka iz dišnog sustava te oka i uha

PRETRAGE

METODE

bakteriološka pretraga brisa ždrijela,brisa nosa, brisa nazofarinksa, brisa usne šupljine, brisa spojnice oka, brisa vanjskog zvukovoda

kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

bakteriološka pretraga iskašljaja, aspirata traheje, kateter aspirata (KAS), bronhoalveolarnog lavata (BAL), mini BAL-a, uzoraka dobivenih četkicom, brisa kanile aspirata sinusa, sadržaja srednjeg uha uzetog timpanocentezom

mikroskopski preparat, kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

Bakteriološke pretrage uzoraka iz probavnog sustava

PRETRAGE

METODE

bakteriološka pretraga stolice

kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove (po potrebi)

pretraga stolice naClostridium difficilletoksin A i B

ELFA

bakteriološka pretraga bioptata želuca naHelicobacter pylori

kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

bakteriološka pretraga želučanog soka i žuči

kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

Parazitološke pretrage uzoraka iz probavnog sustava

PRETRAGE

METODE

parazitološka pretraga stolice

makroskopski pregled
nativni mikroskopski preparat
metoda koncentracije dijagnostičkih stadija parazita (MIFC)

parazitološka pretraga duodenalnog soka

mikroskopski pregled

perianalni (celofanski) otisak

mikroskopski pregled

Virološke pretrage uzoraka iz probavnog sustava

PRETRAGE

METODE

pretraga stolice na rotavirus i adenovirus

imunokromatografski test

Bakteriološke pretrage uzoraka iz spolno-mokraćnog sustava

PRETRAGE

METODE

bakteriološka pretraga urina

kultura, broj CFU/mL, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

bakteriološka pretraga brisa cerviksa, brisa vagine

kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

bakteriološka pretraga brisa uretre, ejakulata i eksprimata prostate

mikroskopski preparat, kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

pretraga brisa uretre, brisa cerviksa, urina i ejakulata a po potrebi i ostalih uzoraka naUreaplasma urealyticumiMycoplasma hominis

kultura i identifikacija

Parazitološke pretrage uzoraka iz spolno-mokraćnog sustava

PRETRAGE

METODE

pretraga ejakulata, brisa uretre i brisa cerviksa naTrichomonas vaginalis

kultura i identifikacija

Bakteriološke pretrage uzoraka kože i tkiva

PRETRAGE

METODE

bakteriološka pretraga intraoperativnih uzoraka, bioptata tkiva i kože,briseva kožne promjene,briseva i aspirata akutnih i kroničnih rana, drenova te sadržaja i brisa drena

mikroskopski preparat, kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove

Bakteriološka pretraga uzoraka s ciljem nadzora bolničkih infekcija

PRETRAGE

METODE

bakteriološka pretraga vode za hemodijalizu, dijalizata, dezinficijensa i drugih tekućina, uzoraka zraka, briseva nežive okoline, otisaka ruku, briseva nosa, ždrijela, nazofarinksa, pazuha, pupka, prepone, perineuma i rektuma

kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove po potrebi

bakteriološka provjera endoskopa (gastroskopa, bronhoskopa)

kultura, identifikacija i ispitivanje osjetljivosti na antimikrobne lijekove po potrebi

biološka kontrola sterilizacije (spore)

kultura i identifikacija

Bakteriološka pretraga uzoraka na Mycobacterium tuberculosis i netuberkulozne mikobakterije

PRETRAGE

METODE

bakteriološka pretraga iskašljaja, bronhoskopskih uzoraka, pleuralnih punktata, punktata i bioptata limfnih čvorova, intraoperativnih uzoraka, urina, bioptata i briseva kože i po potrebi ostalih uzoraka

mikroskopski pregled kliničkih uzoraka na acidorezistentne bacile
kultivacija na krutim i tekućim hranjivim podlogama
identifikacijaMycobacterium tuberculosisi netuberkuloznih mikobakterija
ispitivanje osjetljivostiMycobacterium tuberculosisna antituberkulotike prvog reda

Mikološke pretrage uzoraka na kvasce i plijesni

PRETRAGE

METODE

mikološka pretraga primarno sterilnih uzoraka (hemokultura, cerebrospinalni likvor, ascites, CAPD, perikardijalni punktat, pleuralni punktat)

direktni mikroskopski preparat (intraoperativni uzorak, sadržaj drena i uzorci iz donjeg dišnog sustava), kultivacija, identifikacija i ispitivanjein vitroosjetljivosti kvasaca i oportunističkih plijesni na antifungike po potrebi

mikološka provjera sterilnostitransfuzijskih pripravaka, uzoraka zakoštanu, očnu, kardiovaskularnu i banku
krvotvornih matičnih stanicamikološka pretraga intravaskularnih katetera i drenova (bris, vrh i ispirak intravaskularnih katetera, bris i sadržaj drena, dren)

direktni mikroskopski preparat (intraoperativni uzorak, sadržaj drena i uzorci iz donjeg dišnog sustava), kultivacija, identifikacija i ispitivanjein vitroosjetljivosti kvasaca i oportunističkih plijesni na antifungike po potrebi

mikološka pretraga rana i kožnih promjena (sadržaj apscesa, bioptat, bris rane, intraoperativni uzorak, punktat, bris kožne promjene, bris pazuha, bris prepone, bris pupka)

direktni mikroskopski preparat (intraoperativni uzorak, sadržaj drena i uzorci iz donjeg dišnog sustava), kultivacija, identifikacija i ispitivanjein vitroosjetljivosti kvasaca i oportunističkih plijesni na antifungike po potrebi

mikološka pretraga uzoraka iz gornjeg i donjeg dišnog sustava (bris nosa, bris nazofarinksa, bris usne šupljine, bris ždrijela, bris kanile, bris spojnice oka, bris uha, sekret sinusa, aspirat traheje, BAL bronhoskopski kateter aspirat, iskašljaj, ispirak radnog kanala, minilavat)

direktni mikroskopski preparat (intraoperativni uzorak, sadržaj drena i uzorci iz donjeg dišnog sustava), kultivacija, identifikacija i ispitivanjein vitroosjetljivosti kvasaca i oportunističkih plijesni na antifungike po potrebi

mikološka pretraga uzoraka iz spolno-mokraćnog sustava (bris cerviksa, bris uretre, bris vagine, ejakulat, urinokultura)

direktni mikroskopski preparat (intraoperativni uzorak, sadržaj drena i uzorci iz donjeg dišnog sustava), kultivacija, identifikacija i ispitivanjein vitroosjetljivosti kvasaca i oportunističkih plijesni na antifungike po potrebi

mikološka pretraga uzoraka iz probavnog sustava (bris perianalni, bris rektuma,stolica, želučani sok, žuč)

direktni mikroskopski preparat (intraoperativni uzorak, sadržaj drena i uzorci iz donjeg dišnog sustava), kultivacija, identifikacija i ispitivanjein vitroosjetljivosti kvasaca i oportunističkih plijesni na antifungike po potrebi

Mikološke pretrage uzoraka s ciljem nadzora bolničkih infekcija

PRETRAGE

METODE

mikološka pretraga uzoraka zraka, uzoraka nežive okoline i dezinficijensa

kultura i identifikacija

Serološke pretrage

PRETRAGE

METODE

citomegalovirus (CMV)

IgM / IgG / avidnost IgG – ELFA

Epstein-Barr virus (EBV)

VCA IgM / VCA IgG / EBNA IgG – ELFA

virus rubeole

IgM / IgG – ELFA

Toxoplasmasp.

IgM / IgG – ELFA

virusVaricella-zoster(VZV)

IgG – ELFA

markeri hepatitisa B i C

HbsAg, anti-HBs IgG (titar), anti-HBc ukupni (IgM/IgG), anti-HBc IgM, HbeAg, anti-Hbe – ELFAanti-HCV – ELFA

HIV tip 1/2

anti-HIV (Ag-Ab HIV 1/2) – ELFA

otkrivanje latentne tuberkuloze detekcijom
ɣ-interferona

ELISA (Quantiferon)

Molekularne pretrage

PRETRAGE

METODE
brzi antigenski test (BAT) za detekciju SARS-CoV-2 iz brisa nazofarinksa  imunokromatografski test
 detekcija SARS-CoV-2 iz brisa nazofarinksa/ždrijela, bronhoalveolarnoga lavata aspirate traheje, iskašljaja i krvi
  PCR u stvarnom vremenu
detekcija i kvantifikacija citomegalovirusa (CMV) iz plazme, urina i bronhoalveolarnog lavata
 qPCR u stvarnom vremenu
 detekcija i kvantifikacija Epstein-Barr virusa (EBV) iz plazme
 qPCR u stvarnom vremenu
detekcija C. difficile (CD) iz stolice amplifikacija nukleinskih kiselina
detekcija i kvantifikacija herpes simplex virusa (HSV-1/2) iz pune krvi i likvora
 qPCR u stvarnom vremenu
detekcija i kvantifikacija humanog adenovirusa (hAdV) iz pune krvi qPCR u stvarnom vremenu
detekcija i kvantifikacija humanog herpesvirusa 6 (HHV-6) iz pune krvi i likvora qPCR u stvarnom vremenu
 detekcija 14 genotipova visokog rizika humanog papiloma virusa (HPV) iz brisa cerviksa, brisa uretre, ejakulata i urina  PCR u stvarnom vremenu
Panel spolno prenosivih bolesti (Chlamydiae trachomatis, Neisseria gonorrheae, Mycoplasma genitalium i Trichomonas vaginalis) iz brisa cerviksa, brisa uretre, ejakulata i urina  PCR u stvarnom vremenu
detekcija i kvantifikcija Pneumocystis jirovecii iz bronhoalveolarnog lavata, minilavata, aspirata traheje i bronhoskopskog kateter aspirata  qPCR u stvarnom vremenu
detekcija i kvantifikacija polyomavirusa (BK i JC) iz urina, pune krvi i likvora  qPCR u stvarnom vremenu
Respiratorni panel (Influenza A/B, RSV, SARS-CoV-2) iz brisa nazofarinksa  PCR u stvarnom vremenu
detekcija i kvantifikacija Torque teno virusa (TTV) iz plazme  qPCR u stvarnom vremenu
 detekcija i kvantifikacija Varicella-zoster virusa (VZV) iz pune krvi qPCR u stvarnom vremenu

Dodatne molekularne pretrage

PRETRAGE

METODE

Biofire paneli:

  • Gastrointestinalni panel iz stolice;
  • Meningitis/encefalitis panel iz
  • cerebrospinalne tekućine;
  • Pneumonija panel u uzorcima iskašljaja, bronhoalveolarnog lavata i aspirate traheje
  • Respiratorni panel iz brisa nazofarinksa
  nmPCR u stvarnom vremenu

 T2 paneli iz uzorka pune krvi:

  • Bakterijski panel (A. baumannii, E. coli, K. pneumoniae, P. aeruginosa, E. faecium, S. aureus)
  • Candida spp. (C. albicans/C. tropicalis, C.parapsilosis, C. krusei/C. glabrata)
  • Panel rezistencije (mecA/C, vamA/B, KPC, AmpC (CMX/DHA), NDM/VIM/IMP, CTX-M14/15)
  • amplifikacija
  • hibridizacija superparamagnetskim česticama

Molekularno testiranje gena rezistencije

 

PRETRAGE

METODE

betalaktamaze SHV, TEM, CTX-M, PER ampC

konvencionalni PCR

karbapenemaze KPC, VIM, IMP, GIM, SPM, NDM, Oxa, SME (samo kod Serratiaspp.) i NMC (samo kod Enterobacterspp.)

konvencionalni PCR

 

Dodatne serološke pretrage

PRETRAGE

METODE

adenovirusi

IgM / IgG – ELISA

herpes simpleks virus (HSV) 1 i 2

IgM / IgG – ELISA

Mycoplasma pneumoniae

IgM / IgG – ELISA

parvovirus B19

IgM / IgG – ELISA

virusVaricella-zoster(VZV)

IgM / IgG – ELISA

markeri hepatitisa A

anti-HAV IgM – ELFA

detekcija galaktomanana u serumu i BAL-u

ELISA

Molekularno testiranje gena rezistencije i čimbenika patogenosti te genotipizacija

PRETRAGE

METODE

mecA kod meticilin rezistentnog Staphylococcus aureus (MRSA)

konvencionalni PCR

mecC kod meticilin rezistentnog Staphylococcus aureus (MRSA)

konvencionalni PCR

PVL toksin kod Staphylococcus aureus

konvencionalni PCR

toksin TSST-1 kod Staphylococcus aureus

konvencionalni PCR

genotipizacija

Spa tipizacija zaStaphylococcus aureus
MLST za stafilokoke, enterobakterije i nonfermentore
PFGE

Ostale pretrage

PRETRAGE

METODE

detekcija legionela antigena i pneumokoknog antigena u urinu

imunokrom

vrh stranice